Carolina-Josepha von Süss war der Name der ersten Patientin, die am 23.11.1748 im Straubinger Kloster Azlburg der Elisabethinen aufgenommen und gesund gepflegt wurde. Sie war die Tochter der ehemaligen Hausherrin im kleinen Schlauchen Azlburg, damals noch weitab von den Stadtgrenzen, in dem sich 1748 zwei Ordensschwestern der Elisabethinen niederließen, um Kranke zu behandeln. War die Gründung noch von heftigem Widerstand des Straubinger Magistrates und ansässiger Bader und Apotheker begleitet, so etablierte sich das Kloster dennoch zusehends.

Bereits 1787 wurde der Neubau eines Klosters mit Krankensälen und einer Kirche begonnen. Das 19. Jahrhundert brachte für Kloster und Krankenhaus zunächst einen schweren Schlag: 1813 wurde die vollständige Auflösung verfügt, das Ordensvermögen später dem Straubinger Magistrat zur Verwaltung übereignet. 1829 indes bewilligte König Ludwig I. die Wiederherrichtung. Beginnend mit einem Anbau im Jahre 1888 bis Ende der sechziger Jahre wurde das Frauenkrankenhaus Azlburg stetig erweitert und seine Einrichtung verbessert. Die größte Kapazität hatte das Ordenshaus mit rund 350 Betten erreicht.

Die zweite, 100 Jahre jüngere Wurzel des heutigen Klinikums bildet das Männerkrankenhaus der Barmherzigen Brüder, das der Orden auf Ersuchen der Elisabethinen 1844 beim früheren Franziskanerkloster in Betrieb nahm.

Nach zahlreichen Erweiterungen und Modernisierungen entschlossen sich die Barmherzigen Brüder jedoch wegen Personalmangels zum 31.12.1974, die Krankenversorgung in Straubing aufzugeben. Nach der Gründung der Elisabeth Krankenhaus GmbH zum 01.01.1974 wurden beide Einrichtungen ab 01.01.1975 zusammengeführt und auf zukunftssichere Beine gestellt.

Gesellschafter der 1974 gegründeten GmbH waren der Orden der Elisabethinen, die Stadt Straubing und der Caritasverband für die Diözese Regensburg. Seit damals wurden die Erweiterung, Sanierung und Strukturverbesserung des Krankenhauses vorangetrieben. Mit dem Umzug des Hauses II, des ehemaligen Männerkrankenhauses der Barmherzigen Brüder, an die St.- Elisabeth - Straße im Frühjahr 1997 ist der Plan eines modernen und an einem Standort konzentrierten Krankenhauses verwirklicht. Konzipiert als regionales Schwerpunktkrankenhaus der Versorgungsstufe III, hat sich die Einrichtung zum Abschluss der mehr als 20jährigen Modernisierung in "Klinikum St. Elisabeth Straubing GmbH" umbenannt.

Anfang 2006 haben das Kloster Azlburg der Elisabethinen und der Caritasverband für die Diözese Regensburg e.V. ihre Anteile an der Klinikum St. Elisabeth Straubing GmbH auf die Barmherzige Brüder Bayerische Ordensprovinz KdöR übertragen.

Die Barmherzigen Brüder knüpften in Straubing mit der Übernahme der Mehrheitsbeteiligung an der Klinikum St. Elisabeth GmbH an eine langjährige Krankenhausgeschichte an. In Bayern führen die Barmherzigen Brüder neben dem Klinikum in Straubing noch weitere Krankenhäuser in Regensburg, München und Schwandorf mit insgesamt 2.150 Planbetten. In Straubing sind die Barmherzigen Brüder außerdem seit 1884 präsent durch die Einrichtung für Menschen mit Behinderung, im Jahr 2000 übernahmen sie von den Dillinger Franziskanerinnen das Altenheim „Marienheim".

Den bisher letzten großen Meilenstein markiert die Eröffnung des Neubaus im Sommer 2023. Neu und modern ist dabei nicht nur das Gebäude, sondern auch die medizinische Ausstattung und das Arbeitsumfeld im Inneren. Mit dem Neubau unterstreicht das Klinikum seine gewachsene Bedeutung für die Region und stellt sich optimal für die Herausforderungen der Zukunft auf - sowohl für die Mitarbeiter als auch für die Patienten.